在中小型制冷系统中，使用空气冷却器是比较经济的。冷冻式干燥机空气冷却冷凝器都采用强迫空气流动的冷却方式，又称风冷式冷凝器。这种冷凝器的特点就是不用水冷却，可以省去价格昂贵的供水系统，十分方便，因此在小型冷干机中几乎完全使用风冷式冷凝器。但这种冷凝器的传热系数比水冷式要小得多，故在大、中型冷干机中受到限制。 由风扇驱动的环境空气横向流经翅片管，冷冻干燥机的制冷剂氟利昂凝结在铜管中。冷却空气的前风速通常为2.5至3.5m/s，但是如果前风速过高，则窄部分的风速会很高。通常情况下，散热片之间窄横截面的风速应控制在6m/s以下。如果窄横截面的风速过高，则对气流的阻力会很高，并且风会产生烦人的噪音。在特殊情况下，设备的传热系数可能会改善冷凝，这可能会降低冷凝温度，在窄的横截面中允许较高的风速，但通常不超过7m/s。嗯翅片管的外径为10-16mm的铜管套铝板，翅片比为10-24左右，板厚为0.3-0.3mm，板间距离为2.8-3.2mm。纸张类型必须为瓦楞纸，但有些情况下可以使用平板纸。管束通常由直管或U形管组成，并通过弯头或银焊进行钎焊连接。分流曲折管之间的大多数连接均采用并联集管连接的形式。即，制冷剂蒸气从上部分配总管进入每个蛇形管，并且冷凝的液体沿蛇形管向下流动并通过液体总管流出。 冷冻式干燥机空冷式冷凝器的自然对流传热系数约为25-50W/(m2·K)，平均对数传热温差选择为10-15℃。风力冷凝器中制冷剂的冷凝温度与外部空气温度+15°C几乎相同。作为冷却介质的进风和出风之间的温差应控制在8-10°C。沿着冷却空气流动方向的冷凝器的行数约为4-6线。冷凝器必须使用消耗一定功率的风扇。根据运行环境的冷凝器结构，可以吹或吸风扇。通风管道阻力约为0.014至0.035MPa。 为了提高风冷式冷凝器的传热效果，必须避免或减小翅片与管面间的接触热阻，通常采用机械胀管来保证翅片与管间的良好接触。

在真空度控制方面，早期的控制方式是采用开环控制方式，这种控制方法存在较大的波动现象，随着分离物质的纯度需求不断增加，由于这种真空度控制方法的稳定性差，难达到较高的纯度需求，为了解决这一问题，使真空度稳定在某一预定值上，可以采用气体流量控制器进行反馈控制，通过调节进气量和出气量达到保持稳定真空度的目的。 如果真空度控制采用闭环控制，液环真空泵和旋片式真空泵只要让真空度维持在负压的情况下，通过串联气体流量控制器，利用气体流量控制器来保持分子蒸馏器的真空度稳定。 短程分子蒸馏器将v10与v11之间和v19上端的真空表换成数字真空表，并将采集到数据直接传输到PLC中，通过PLC控制真空泵达到预定真空度，由于真空泵是由液环真空泵和旋片式真空泵组成，冷却水的流量的稳定性直接影响真空泵的运转，所以真空泵的稳定性较差，波动比较剧烈，比如小型蒸馏设备，蒸发器直径较小，受真空度波动影响较大，此时当蒸发器内的真空度达到预定值范围，开启气体质量流量控制器使其不断抽气或者送气，根据预定值和真空仪实际之间的误差，通过控制误差来减小误差达到真空度稳定的目的。